La Fundación Ágora desarrolla sus actividades en el marco de convenios específicos firmados con instituciones tales como la Facultad de Ciencias de la Salud de la UNE, la Chipería Leticia, ubicada en el km 13 de la ciudad de Minga Guazú, la Churrasquería Mara, del barrio Pablo Rojas. Asimismo existe un Convenio Marco de Cooperación entre la Sociedad Científica del Paraguay y la Fundación Ágora para el desarrollo de programas sobre asuntos técnicos, administrativos, científicos, educacionales, sociales y culturales, dentro del marco de las normas vigentes en el país y de las que rigen la vida institucional de cada una de las organizaciones conveniadas.